Aquesta és la llista d'hàbitats i d'espècies incloses en la Directiva Hàbitat (Directiva 92/43/CEE) i en la Directiva Aus (Directiva 79/409/CEE) que poden trobar-se a les Illes Balears:

Annex II: Espècies d'Interès Comunitari - Fauna
Alytes muletensis*	Barbastella barbastellus
Caretta caretta*	Cerambyx cerdo
Chelonia mydas*	Emys orbicularis
Miniopterus schreibersi	Monachus monachus *
Myotis capaccinii	Myotis emarginatus
Myotis myotis	Podarcis lilfordi
Podarcis pityusensis	Rhinolophus ferrumequinum
Rhinolophus hipposideros	Rhinolophus mehelyi
Testudo graeca	Testudo hermanni
Tursiops truncatus

Annex II: Espècies d'Interès Comunitari - Flora
Allium grosii	Anthyllis hystrix
Apium bermejoi*	Centaurea balearica*
Daphne rodriguezii*	Dianthus rupicola
Diplotaxis ibicensis	Euphorbia margalidiana*
Genista dorycnifolia	Helianthemum caput-felis
Kosteletzkya pentacarpos	Marsilea strigosa
Naufraga balearica*	Paeonia cambessedesii
Ranunculus weyleri*	Silene hifacensis
Vicia bifoliolata*	Viola jaubertiana

Annex IV: Espècies animals i vegetals d'interès comunitari que requereixen una protecció estricta - Fauna
Alytes muletensis*	Bufo viridis
Caretta caretta*	Centrostephanus longispinus
Cerambyx cerdo	Chelonia mydas*
Dermochelys coriacea	Emys orbicularis
Erinaceus algirus	Hyla meridionalis
Lithophaga lithophaga	Monachus monachus *
Patella feruginea	Pinna nobilis
Podarcis lilfordi	Podarcis pityusensis
Podarcis sicula	Testudo graeca
Testudo hermanni	Totes les espècies de Microquiròpters

Annex IV: Espècies animals i vegetals d'interès comunitari que requereixen una protecció estricta - Flora
Allium grosii	Anthyllis hystrix
Apium bermejoi*	Centaurea balearica*
Daphne rodriguezii*	Dianthus rupicola
Diplotaxis ibicensis	Euphorbia margalidiana*
Genista dorycnifolia	Helianthemum caput-felis
Kosteletzkya pentacarpos	Marsilea strigosa
Naufraga balearica*	Paeonia cambessedesii
Ranunculus weyleri*	Silene hifacensis
Vicia bifoliolata*	Viola jaubertiana

Annex V: Espècies animals i vegetals d'interès comunitari la recollida de les quals en la naturalesa així com la seva explotació pot ser objecte de mesures de gestió - Fauna
Corallium rubrum	Genetta genetta
Hirudo medicinalis	Martes martes
Rana perezi	Scyllarides latus

Annex V: Espècies animals i vegetals d'interès comunitari la recollida de les quals en la naturalesa així com la seva explotació pot ser objecte de mesures de gestió - Flora
Lithothamnion coralloides	Phymatholithon calcareum
Ruscus aculeatus
Espècies d'interès comunitari. Són les espècies de flora i de fauna singulars, endèmiques, rares o amenaçades. Les espècies d'interès comunitari s'inclouen a l'annex II de la Directiva 92/43/CEE, de 21 de maig de 1992 relativa a la conservació dels hàbitats naturals i de la flora i la fauna silvestres “Directiva Hàbitats”. Dins les espècies d'interès comunitari es qualifiquen com a prioritàries (*) les que estan en perill o amenaçades de desaparèixer, motiu pel qual preservar-les implica una responsabilitat per part de la Unió Europea, i es cataloguen a l'annex IV les que requereixen una protecció estricta.